如果希望在Windows 2000和早期操作系統(tǒng)之間建立多重啟動，就需要使用FAT或FAT32文件系統(tǒng)。在這種情況下，用戶就應(yīng)該把系統(tǒng)配置成多重啟動并在硬盤上用FAT或FAT32分區(qū)做為活動分區(qū)。這是因為早期的操作系統(tǒng)不能訪問NTFS格式的本地硬盤分區(qū)。如果服務(wù)器不需要配置多重啟動功能，用戶最好使用NTFS格式的文件系統(tǒng)。

Windows 2000所推薦使用的NTFS文件系統(tǒng)提供了FAT和FAT32文件系統(tǒng)所沒有的、全面的性能，可靠性和兼容性。NTFS文件系統(tǒng)的設(shè)計目標(biāo)就是用來在很大的硬盤上能夠很快地執(zhí)行諸如：讀、寫和搜索這樣的標(biāo)準文件操作，甚至包括像文件系統(tǒng)恢復(fù)這樣的高級操作。

NTFS文件系統(tǒng)包括了公司環(huán)境中文件服務(wù)器和高端個人網(wǎng)站制作所需的安全特性。NTFS文件系統(tǒng)還支持對于關(guān)鍵數(shù)據(jù)完整性十分重要的數(shù)據(jù)訪問控制和私有權(quán)限。除了可以賦予Windows 2000計算機中的共享文件夾特定權(quán)限外，NTFS文件和文件夾無論共享與否都可以賦予權(quán)限。NTFS是Windows 2000 中唯一允許為單個文件指定權(quán)限的文件系統(tǒng)。然而，當(dāng)用戶從NTFS卷移動或復(fù)制文件到FAT卷時，NTFS文件系統(tǒng)權(quán)限和其它特有屬性將會丟失。

像FAT文件系統(tǒng)一樣，NTFS文件系統(tǒng)使用簇作為磁盤分配的基本單元。在NTFS文件系統(tǒng)中，默認的簇大小取決于卷的大小。在“磁盤管理器”中，用戶可以指定的簇大小最大為4k。

Windows 2000包括一個新版本的NTFS，該文件系統(tǒng)在原有的靈活的安全特性（比如域和用戶賬戶數(shù)據(jù)庫）之上又加入了新的特性，如活動目錄(Active Directory)Windows 2000中使用的NTFS文件系統(tǒng)支持以下特性：

• 活動目錄。使網(wǎng)絡(luò)管理者和網(wǎng)絡(luò)用戶可以方便靈活地查看和控制網(wǎng)絡(luò)資源。

• 域。它是活動目錄的一部分，幫助網(wǎng)絡(luò)管理者兼顧管理的簡單性和網(wǎng)絡(luò)的安全性。例如，只有在NTFS文件系統(tǒng)中用戶才能設(shè)置單個文件的許可權(quán)限而不僅僅是目錄的許可權(quán)限。

• 文件加密。能夠大大提高信息的安全性。

• 稀松文件。應(yīng)用程序生成的一種特殊文件，它的文件尺寸非常大，但實際上只需要少部分的磁盤空間。就是說，NTFS只需要給這種文件實際寫入的數(shù)據(jù)分配磁盤存儲空間。

• 其他的數(shù)據(jù)存儲模式。這些模式可以提高存儲和修改信息的效率。

• 磁盤活動的恢復(fù)日志。它將幫助用戶在電源失效或其他系統(tǒng)故障時快速恢復(fù)信息。

• 磁盤配額。管理者可以管理和控制每個用戶所能使用的最大磁盤空間。

• 對于大容量驅(qū)動器的良好擴展性。NTFS中最大驅(qū)動器的尺寸遠遠大于FAT格式的，而且，NTFS的性能和存儲效率并不象FAT那樣隨著驅(qū)動器尺寸的增大而降低。

NTFS文件系統(tǒng)是使用Windows 2000所推薦的文件系統(tǒng)。NTFS具有FAT文件系統(tǒng)的所有基本功能，并且提供如下的FAT或FAT32文件系統(tǒng)所沒有的優(yōu)點：

• 更為安全的文件。

• 更好的磁盤壓縮性能。

• 支持最大達2TB的大硬盤（NTFS可支持的最大磁盤容量比FAT的大得多，而且隨著磁盤容量的增大，NTFS的性能不像FAT那樣隨之降低）。

• 雙重啟動配置（在同一臺計算機上同時安裝有Windows 2000和其他操作系統(tǒng)）。